在 Bash 中循环文件的内容
如何使用Bash遍历文本文件的每一行?
使用此脚本:
echo "Start!"
for p in (peptides.txt)
do
echo "${p}"
done
我在屏幕上得到这个输出:
Start!
./runPep.sh: line 3: syntax error near unexpected token `('
./runPep.sh: line 3: `for p in (peptides.txt)'
(后来我想做一些$p
比输出到屏幕更复杂的事情。)
环境变量SHELL是(来自 env):
SHELL=/bin/bash
/bin/bash --version
输出:
GNU bash, version 3.1.17(1)-release (x86_64-suse-linux-gnu)
Copyright (C) 2005 Free Software Foundation, Inc.
cat /proc/version
输出:
Linux version 2.6.18.2-34-default (geeko@buildhost) (gcc version 4.1.2 20061115 (prerelease) (SUSE Linux)) #1 SMP Mon Nov 27 11:46:27 UTC 2006
文件肽.txt 包含:
RKEKNVQ
IPKKLLQK
QYFHQLEKMNVK
IPKKLLQK
GDLSTALEVAIDCYEK
QYFHQLEKMNVKIPENIYR
RKEKNVQ
VLAKHGKLQDAIN
ILGFMK
LEDVALQILL
-
一种方法是:
while read p; do echo "$p" done <peptides.txt
正如评论中所指出的,这具有修剪前导空格、解释反斜杠序列以及在缺少终止换行时跳过最后一行的副作用。如果有这些问题,您可以这样做:
while IFS="" read -r p || [ -n "$p" ] do printf '%s\n' "$p" done < peptides.txt
例外地,如果循环体可以从标准输入读取,您可以使用不同的文件描述符打开文件:
while read -u 10 p; do ... done 10<peptides.txt
这里,10 只是一个任意数字(不同于 0、1、2)。