丁公司是一家主要经营医疗器械的生产、销售和运输的大型企业，成立于2004年，设立之初就登记为增值税一般纳税人。2018年年初某税务师接受委托审核丁公司2017年全年涉税情况，发现以下问题：
(1)丁公司于2017年初次购入税控系统专用设备一台，并取得增值税专用发票。根据初次购人税控系统专用设备的税收优惠政策，丁公司按增值税专用发票上价税合计金额抵减当期的应纳增值税税额；同时，将取得的专用发票认证抵扣当期的增值税进项税额。
(2)丁公司于2017年采用“以旧换新”方式销售新型号血压计，消费者在购买新型号血压计时可以用老型号血压计折抵部分价款。丁公司以收到的价款扣除老型号血压计折抵价款后的净额，作为计算增值税销项税额的销售额。
(3)为了实现各自的销售额目标，2017年丁公司与同城的另一家医疗器械销售公司达成协议，双方同时向对方开出金额相同的大额增值税专用发票，但无真实购销交易。丁公司认为，自己开出的增值税专用发票的销项税额与从对方取得的增值税专用发票的进项税额相等，因此不稃在纳税和其他问题。
(4)丁公司下设一个独立核算的运输队，对外承接运输劳务并负责本单位销售货物的运输，2017年全年取得不含税运输货款收入400万元，丁公司会计人员认为销售额未超过“营改增”应税服务500万元的一般纳税人登记标准，按销售额400万元乘以3%的征收率计算了增值税12万元。
问题：请分析丁公司的处理是否正确，并说明理由，分析其流转税的税务处理（本题无需计算具体结果）。