在一个偏僻山村，农民周某某(男，19岁)强奸了同村的女青年李某某(18岁)。为了解决这一问题。村长和其他几名村干部商议后决定，由村长主持对本案进行调解，以防止家丑外扬。村长在双方家长的参加下，与其他村干部协商，让双方家长达成了如下调解协议：(1)周某某向李某某赔礼道歉;(2)周家向李家赔偿损失2000元;(3)周某某承诺今后一定娶李某某为妻;(4)李某某承诺不向司法机关告发。事后不久，李某某不同意嫁给周某某，并向司法机关告发。司法机关在追究周某某刑事责任的同时，也追究了村长包庇犯罪的刑事责任。村长面对判决一脸茫然，不理解自己做了一件化解纠纷的好事，却反而要吃官司。

问题：请运用我国《刑事诉讼法》中规定的某项基本原则分析本案中的现象。