被告入张某系某国有公司经理，2001年市公安局收到一封检举信，揭露该公司偷税80万元的犯罪事实。公安局认为这是职务犯罪，将检举信转到市检察院，市检察院经调查后认为属实，依法应追究刑事责任，遂经检察长批准立案侦查。同年6月检察院批准逮捕张某，并派检察院侦查员将其逮捕。后张某聘请的律师应检察院的要求，缴纳了3万元保证金，并提供保护人，将张取保候审。经侦查发现该公司共偷税漏税60万元，检察院冻结该公司帐户，并将其中60万元作为税款上缴国库。市检察院提起公诉，市法院经审理认为该公司已构成偷税罪，判处张某有期徒刑2年，缓刑3年，判处该公司200万元罚金。市检察院认为一审量刑过轻，向二审法院提交抗诉状，堤起抗诉。二审法院经不开庭审理后，同意抗诉意见，裁定撤销原判，改处张某有期徒刑5年。

问题：本案中有哪些程序不合法?并说明理由。