李某，17岁，1999年2月3日深夜进入一居民室内欲对杜某实施强奸行为，杜某呼救，该区法院审判员林某遂将李某抓获，扭送至当地公安机关。公安机关于2月4日决定拘留李某。李父向公安机关申请取保候审，公安机关要求李父提供保证人，并代李某交纳保证金5000元。案件侦查终结后移送至该区检察院。经李父多方活动，检察院遂以证据不足为由，径行作出不起诉决定。被害人杜某不服，向该区人民检察院申请复议，同时以强奸(未遂)罪向同级法院提起自诉。林某知道后，主动请求担任该案审判长，对该案进行公开审理。被告李某以诉讼代理人王某系审判员林某老婆为由，要求诉讼代理人王某回避，林某以李某回避申请不合法为由当庭驳回。审理中，李某以辩护人辩护不力为由要求自行辩护，法庭准许。在最后陈述中，李某主动交待半年前曾实施一起抢劫行为。合议庭评议后当庭宣判：以抢劫罪判处有期徒刑2年，强奸罪有期徒刑5年，数罪并罚6年有期徒刑。并告知，不服本判决应在接到判决书后10日内直接向中级人民法院上诉。李某决定不上诉，但李父不同意，自行向中级人民法院提起上诉。中院在3日内进行了审查，认为上诉合法，遂开庭审理，改判如下：以抢劫罪判处有期徒刑3年，强奸罪有期徒刑5年，数罪并罚7年。

问：

1、 本案中，公安机关有哪些行为违反了法律的规定?

2、 人民检察院有哪些违法行为?

3、 第一审法院有哪些违法行为?

4、 第二审法院有哪些违法行为?

5、 李父的申诉能否启动再审程序?