由Python创建的HDF5数据集在Matlab中转置

Question

我有一些在Python和Matlab之间共享的数据。我曾经通过将NumPy数组保存在MATLAB样式的.mat文件中来做到这一点，但想切换到HDF5数据集。但是，我注意到一个有趣的功能：将NumPy数组保存在HDF5文件中（使用h5py），然后在Matlab中读取它（使用h5read）时，它最终被转置了。有什么我想念的吗？

Python代码：

import numpy as np
import h5py

mystuff = np.random.rand(10,30)

f = h5py.File('/home/user/test.h5', 'w')
f['mydataset'] = mystuff
f.close()

Matlab代码：

mystuff = h5read('/home/user/test.h5', '/mydataset');
size(mystuff) % 30 by 10

Answer 1

这是Matlab的HDF5阅读器例程中的一个怪癖。（我认为这种行为背后的原因是：二进制文件中的数据按C顺序排列，Matlab数组按Fortran顺序排列，因此它们应将数据报告为转置的，而不是重新排序。）

如果检查使用HDF5工具由Python创建的文件，则尺寸应为以下尺寸：

$ h5ls test.h5 
mydataset数据集{10，30}