如何格式化numpy savetxt，以便零仅保存为“ 0”

Question

我正在将numpy稀疏数组（压缩）保存到csv中。结果是我有一个3GB的CSV。问题是95％的单元格为0.0000。我用过fmt='%5.4f'。如何格式化和保存，使零仅保存为0，非零浮点数与'%5.4f'格式一起保存？如果可以的话，我敢肯定我可以将3GB降低到300MB。

我在用

np.savetxt('foo.csv', arrayDense, fmt='%5.4f', delimiter = ',')

感谢和问候

Answer 1

如果看一下的源代码np.savetxt，您会看到，虽然有很多代码可以处理参数以及Python 2和Python
3之间的差异，但最终它还是一个简单的遍历行的python循环，其中每行被格式化并写入文件。因此，如果您自己编写，就不会失去任何性能。例如，这是一个精简的函数，它写入紧凑的零：

def savetxt_compact(fname, x, fmt="%.6g", delimiter=','):
    with open(fname, 'w') as fh:
        for row in x:
            line = delimiter.join("0" if value == 0 else fmt % value for value in row)
            fh.write(line + '\n')

例如：

In [70]: x
Out[70]: 
array([[ 0.        ,  0.        ,  0.        ,  0.        ,  1.2345    ],
       [ 0.        ,  9.87654321,  0.        ,  0.        ,  0.        ],
       [ 0.        ,  3.14159265,  0.        ,  0.        ,  0.        ],
       [ 0.        ,  0.        ,  0.        ,  0.        ,  0.        ],
       [ 0.        ,  0.        ,  0.        ,  0.        ,  0.        ],
       [ 0.        ,  0.        ,  0.        ,  0.        ,  0.        ]])

In [71]: savetxt_compact('foo.csv', x, fmt='%.4f')

In [72]: !cat foo.csv
0,0,0,0,1.2345
0,9.8765,0,0,0
0,3.1416,0,0,0
0,0,0,0,0
0,0,0,0,0
0,0,0,0,0

然后，只要编写自己的savetxt函数，就可以使其处理稀疏矩阵，因此不必在保存之前将其转换为（密集）numpy数组。（我假设稀疏数组是使用from中的稀疏表示形式实现的scipy.sparse。）在以下函数中，唯一的变化是from... for value in row到... for value in row.A[0]。

def savetxt_sparse_compact(fname, x, fmt="%.6g", delimiter=','):
    with open(fname, 'w') as fh:
        for row in x:
            line = delimiter.join("0" if value == 0 else fmt % value for value in row.A[0])
            fh.write(line + '\n')

例：

In [112]: a
Out[112]: 
<6x5 sparse matrix of type '<type 'numpy.float64'>'
    with 3 stored elements in Compressed Sparse Row format>

In [113]: a.A
Out[113]: 
array([[ 0.        ,  0.        ,  0.        ,  0.        ,  1.2345    ],
       [ 0.        ,  9.87654321,  0.        ,  0.        ,  0.        ],
       [ 0.        ,  3.14159265,  0.        ,  0.        ,  0.        ],
       [ 0.        ,  0.        ,  0.        ,  0.        ,  0.        ],
       [ 0.        ,  0.        ,  0.        ,  0.        ,  0.        ],
       [ 0.        ,  0.        ,  0.        ,  0.        ,  0.        ]])

In [114]: savetxt_sparse_compact('foo.csv', a, fmt='%.4f')

In [115]: !cat foo.csv
0,0,0,0,1.2345
0,9.8765,0,0,0
0,3.1416,0,0,0
0,0,0,0,0
0,0,0,0,0
0,0,0,0,0