对于增加的古树保护措施费用，应根据什么原则来确定其价格?

Question

A公司中标某高速公路第一标段。该标段包括一座中桥、10km路基路面工程。工程采用工程量清单计价，并在清单中列出了措施项目;双方签订的施工合同约定工程款支付方式为按月计量支付，并约定发生争议时向工程所在地仲裁委员会申请仲裁。对清单中某措施项目，A公司报价200万元。施工中，由于施工单位改变了施工方案，该措施项目实际发生费用为260万元，A公司拟向业主提出索赔。

业主推荐B公司分包桥梁的钻孔灌注桩施工，A公司审查了B公司的资质后，与B公司签订了工程分包合同。在施工过程中，由于B公司操作人员违章作业，损坏通信光缆，造成大范围通信中断，A公司为此向通信公司支付了65万元补偿款。

A公司为了应对地方材料可能涨价的风险，中标后即与某石料厂签订了价值500万元的道路基层碎石料的采购合同，约定了交货日期及违约责任（规定违约金为合同价款的5%）并交付了60万元定金。到了交货期，对方以价格上涨为由提出中止合同，A公司认为对方违约，拟就此提出索赔。

施工中，经业主同意，为保护施工区域的古树，增加了相关的措施费，而原清单中没有相同项目。施工单位就此提出变更申请。

工程竣工且保修期满后，业主无故拖欠A公司工程款，经多次催要无果。A公司计划对业主提起诉讼。