gene_info.py 文件源码

python
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项目:gene_info 作者: sggaffney 项目源码 文件源码
def cds_seq(self):
        """Lookup transcript, exon and UTR info from Ensembl Rest API."""
        if not self._cds_seq:
            seq_info = client.perform_rest_action(
                '/sequence/id/{0}'.format(self.transcript_id),
                params={'type': 'cds'})
            seq_str = seq_info['seq']
            if seq_str.startswith('N') or seq_str.endswith('N'):
                seq_str = seq_str.strip('N')
            seq = Seq(seq_str, IUPAC.unambiguous_dna)
            self._cds_seq = seq
            self._aa_seq = seq.translate()
        else:
            seq = self._cds_seq
        return seq
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