align_trim_fasta.py 文件源码

python
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项目:zika-pipeline 作者: zibraproject 项目源码 文件源码
def go(args):
    bed = read_bed_file(args.bedfile)

    infile = pysam.AlignmentFile(args.alignment, "rb")
    for s in infile:
        #print s.get_aligned_pairs()
        #print ">%s\n%s" % (s.query_name, s.query_alignment_sequence)

        p1 = find_primer(bed, s.reference_start, '+')
        p2 = find_primer(bed, s.reference_end, '-')

        primer_start = p1[2]['start']
        # start is the 5' 
        primer_end = p2[2]['start']

        query_align_start = find_query_pos(s, primer_start)
        query_align_end = find_query_pos(s, primer_end)

        print >> sys.stderr, "%s\t%s\t%s\t%s" % (primer_start, primer_end, primer_end - primer_start, s.query_length)

        startpos = max(0, query_align_start - 40)
        endpos = min(query_align_end+40, s.query_length)

        print ">%s\n%s" % (s.query_name, s.query_sequence[startpos:endpos])
        #query_align_end + 30])
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