test_alpha_rarefaction.py 文件源码

def test_one_iteration_no_metadata(self):
        columns = pd.MultiIndex.from_product([[1, 200], [1]],
                                             names=['depth', 'iter'])
        data = pd.DataFrame(data=[[1, 2], [1, 2], [1, 2]],
                            columns=columns, index=['S1', 'S2', 'S3'])

        # No counts provided because no metadata
        obs = _compute_summary(data, 'sample-id')

        d = [['S1', 1,   1, 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1.],
             ['S1', 200, 1, 2., 2., 2., 2., 2., 2., 2., 2., 2.],
             ['S2', 1,   1, 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1.],
             ['S2', 200, 1, 2., 2., 2., 2., 2., 2., 2., 2., 2.],
             ['S3', 1,   1, 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1., 1.],
             ['S3', 200, 1, 2., 2., 2., 2., 2., 2., 2., 2., 2.]]
        exp = pd.DataFrame(data=d, columns=['sample-id', 'depth', 'count',
                                            'min', '2%', '9%', '25%', '50%',
                                            '75%', '91%', '98%', 'max'])
        pdt.assert_frame_equal(exp, obs)