analysis.py 文件源码

def read_seurat_hdf5(hdf5_file):
    import h5py
    with h5py.File(hdf5_file, 'r') as handle:
        cols = handle.get("seurat_matrix/columns").value
        rows = handle.get("seurat_matrix/rows").value
        df = handle.get("seurat_matrix/matrix").value
    seurat_matrix = pd.DataFrame(df, index=cols, columns=rows).T

    # add info as multiindex columns
    condition = map(lambda x: x[0], seurat_matrix.columns.str.split("|"))
    replicate = map(lambda x: x[1], seurat_matrix.columns.str.split("|"))
    cell = map(lambda x: x[2], seurat_matrix.columns.str.split("|"))
    grna = map(lambda x: x[3], seurat_matrix.columns.str.split("|"))
    gene = map(lambda x: x[1] if len(x) > 1 else x[0][:4], pd.Series(grna).str.split("_"))
    seurat_matrix.columns = pd.MultiIndex.from_arrays([condition, replicate, cell, grna, gene], names=['condition', 'replicate', 'cell', 'grna', 'gene'])

    return seurat_matrix