test_alpha_rarefaction.py 文件源码

python
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项目:q2-diversity 作者: qiime2 项目源码 文件源码
def test_some_duplicates_in_category(self):
        columns = pd.MultiIndex.from_tuples([(1, 1), (1, 2), (200, 1),
                                             (200, 2), ('pet', '')],
                                            names=['depth', 'iter'])
        data = pd.DataFrame(data=[[1, 2, 3, 4, 'russ'], [5, 6, 7, 8, 'milo'],
                                  [9, 10, 11, 12, 'russ']],
                            columns=columns, index=['S1', 'S2', 'S3'])

        obs = _reindex_with_metadata('pet', ['pet'], data)

        exp_col = pd.MultiIndex(levels=[[1, 200, 'pet'], [1, 2, '']],
                                labels=[[0, 0, 1, 1], [0, 1, 0, 1]],
                                names=['depth', 'iter'])
        exp_ind = pd.Index(['milo', 'russ'], name='pet')
        exp = pd.DataFrame(data=[[5, 6, 7, 8], [5, 6, 7, 8]],
                           columns=exp_col, index=exp_ind)

        pdt.assert_frame_equal(exp, obs[0])

        exp = pd.DataFrame(data=[[1, 1, 1, 1], [2, 2, 2, 2]],
                           columns=exp_col, index=exp_ind)

        pdt.assert_frame_equal(exp, obs[1])
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