resources.py 文件源码

python
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项目:lineage 作者: apriha 项目源码 文件源码
def _load_kgXref(filename):
        """ Load UCSC kgXref table.

        Parameters
        ----------
        filename : str
            path to kgXref file

        Returns
        -------
        df : pandas.DataFrame
            kgXref table if loading was successful, else None
        """
        if filename is None:
            return None

        try:
            df = pd.read_table(filename, names=['kgID', 'mRNA', 'spID', 'spDisplayID',
                                                'geneSymbol', 'refseq', 'protAcc',
                                                'description', 'rfamAcc', 'tRnaName'], index_col=0,
                               dtype=object)
            return df
        except Exception as err:
            print(err)
            return None
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